慘絕人寰的雲林大屠殺
日本人平定臺灣之後，等著臺灣人的卻是更加殘酷的事件即將發生，就是1896年6月震驚世界的雲林大屠殺。
關於雲林大屠殺，當時擔任雲林支廳主記的今村平藏無疑是當事人和最初目擊者，他手記的《蠻煙瘴雨日記》無疑也是最原始的報導。
日人遷怒於無辜百姓，6月20日至23日集結重兵，在雲林東南一帶實施大掃蕩（報復性屠殺）：”凡兵煙之下，無不盡成肉山血河，既不分良匪，復未辦薰蕕，幾千房屋竟付諸一炬，無數生靈，頃刻間盡成斬首台上之冤魂。”
掃蕩林圯埔回程，路過九芎林莊東端，今村又記：”井口警部迎接我隊，提交一信予兒玉市藏中隊長，此乃討伐之嚴令也。倏忽間九芎林莊成為焦土，村民血肉飛散，變成慘絕人寰之地獄；旋行石榴班、海豐崙，殺戮燒毀，腥風捲菸，陽光淒然。同時全部討伐隊，橫掃雲林平原。”
今村又記：「調查管內之被焚房屋，實56村4947戶之驚人數目，可見當時慘殺焚屋，何等殘酷。」
日本人並未記載殺戮人數，近人劉枝萬推估，「無辜臺民被屠者三萬餘眾」。
雲林大屠殺發生後，在臺灣的洋人、傳教士陸續投書香港、日本、英國各大報，7月4日即見載於《中國通訊報》（China Mail）和《香港日報》（Hong Kong Daily Press）。
7月14日鄧肯的通訊即謂：「日本人正採取殲滅所有臺灣人的策略……臺灣人的收穫破壞、家園燒毀，祖先墳墓挖掘、婦女遭凌辱，憤怒到極點……」（總督府檔案Vooo76/A037之附件）

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在油管上台湾人的留言纷纷是“是日治不是日据”“台湾人DNA是日本人”